В год 2205 Гамиль, некогда гордая цивилизация, оказывается на грани полного исчезновения: её экосистема разрушается с пугающей скоростью. Перед лицом неминуемой гибели лидер Абердт Деслер принимает отчаянное и рискованное решение — он инсценирует покорность перед властями Галмана, планеты, населённой расой, почти неотличимой от гамиланцев. Его план заключается в том, чтобы, завоевав доверие и проникнув в самое сердце власти, захватить контроль над Галманом и использовать его ресурсы для переселения своего народа. Однако в самый разгар операции по эвакуации на гамиланцев обрушивается неведомая мощь, которая с чудовищной лёгкостью искажает и разрушает Искандар — родной мир королевы Старши, оставляя за собой лишь хаос и вопросы без ответов.

На Земле в это время царит атмосфера победного торжества. Экипаж легендарного линкора «Ямато» встречают как героев, а флот пополняется новым поколением военных кораблей и перспективных новобранцев. Под началом опытных офицеров, таких как Юки Мори и Сиро Санада, молодые пилоты готовятся к долгой учебной миссии, которая должна продлиться шесть месяцев. Но не все разделяют радость и уверенность в завтрашнем дне: решения, принятые капитаном Сусуму Кодаем в прошлом, вызывают неоднозначную реакцию даже среди его собственных товарищей. Когда в ходе дипломатической встречи с гамиланцами экипаж узнаёт об ужасающей катастрофе, постигшей Искандар, Кодай оказывается перед сложным выбором. Несмотря на строгие приказы и возможные последствия, он решает повести флот в опасный регион космоса, чтобы оказать помощь выжившим беженцам и, возможно, столкнуться с новой угрозой, о которой человечество ещё не подозревает.