Прошло три года с тех пор, как экипаж легендарного корабля вернулся домой с далёкой Искандер. Земля, восстановленная благодаря Космореверс, заключила перемирие с бывшим врагом — Гамилусом. Но мир, купленный такой высокой ценой, оказывается хрупким: человеческое правительство, вдохновлённое Старшей, выбирает путь наращивания военной мощи, и на верфях рождается новый флагман обороны — броненосец «Андромеда». «Ямато» же, символ надежды и жертвенности, остаётся в тени, напоминая о том, что за спокойствие вселенной всегда приходится платить чьими-то жизнями.

Однако тишина в космосе не бывает вечной. Богиня Тереза, хранительница равновесия, чувствует приближение древней угрозы. Её зов достигает «Ямато», и корабль вновь вынужден поднять якоря. На этот раз на горизонте встаёт Гатлантис — сила, способная поглотить целые галактики, и её тень уже ложится на Землю. Герои прошлых сражений должны решить: продолжать ли служить политическим амбициям или ответить на зов, который выше любых договоров и границ. Их новое плавание обещает стать самым тяжёлым испытанием, где любовь и война окажутся двумя сторонами одной медали.