В Европе одно за другим исчезают целые города: их стирают с лица земли невиданные прежде чудовища, среди которых замечают «Дракона Киберконца» и «Радужного Дракона». Этот каскад разрушений необратимо перекраивает ход истории, угрожая самому существованию привычного мира. В самый разгар очередной скоростной дуэли Юсэй Фудо сталкивается с таинственным незнакомцем, который дерзко похищает его ключевую карту — «Дракона Звёздной Пыли». Не желая мириться с потерей, избранный бросается в погоню и неожиданно для себя проваливается в прошлое, где встречает Дзюдея Юки.

Осознав, что бедствие затрагивает все временные эпохи, двое дуэлянтов решают объединить усилия и преследуют похитителя всё дальше по годам. Их путь приводит к легендарному королю игр — Юги Муто, чья мудрость и сила оказываются ключом к разгадке. Втроём им предстоит понять, как вера в свои колоды и доверие к союзникам становятся единственным оружием против врага, способного менять саму реальность. Судьба мира теперь зависит от того, сможет ли эта неожиданная команда вернуть украденную мощь и восстановить нарушенный порядок вещей.