Дождь смывал следы с улиц Токио, когда профессор Ксавьер получил сигнал тревоги из самого сердца Японии. Его школа для одарённых подростков уже год стояла пустой — после трагической гибели одного из членов команды мутанты разошлись, оставив борьбу за мир, который так и не принял их. Но теперь, когда в Стране восходящего солнца бесследно исчезла юная мутантка, старому профессору снова пришлось собирать разбросанных по миру учеников.

Команда, некогда созданная для защиты людей, вновь вступает в игру, где каждый шаг может стать последним. На этот раз их путь лежит через неоновые кварталы и древние храмы, где за фасадом современного мегаполиса скрываются тайны, способные потрясти основы их мира. Герои, привыкшие сражаться с предрассудками обычных людей, теперь сталкиваются с врагом, который знает о них слишком много.

Скоро выясняется, что исчезновение девочки — лишь верхушка айсберга. За ней стоит организация «Люди Ю», чьи амбиции простираются далеко за пределы простого похищения. Мутантам предстоит понять, что даже среди своих могут скрываться предатели, а союзники порой оказываются опаснее врагов. В этом танце теней и стали каждому придётся решить, на что он готов пойти ради спасения себе подобных.