В 2220 году человечество сталкивается с угрозой, способной стереть Землю с лица галактики: к планете неумолимо приближается разрастающаяся чёрная дыра. Чтобы спасти хотя бы часть населения, власти запускают грандиозный проект — эвакуацию трёхсот миллионов человек. Колоссальный транспортный флот готовится покинуть родной мир, но в самый разгар миссии на беззащитные суда обрушивается атака неизвестного врага. Судьба переселенцев повисает на волоске, и тогда на орбите появляется легендарный корабль, способный дать отпор любому противнику.

На защиту гражданских встаёт космический линкор «Ямато», которым теперь командует Сусуму Кодай. Он унаследовал пост от своего отца и несёт на своих плечах тяжёлую ношу ответственности. На борту вместе с ним служит Миюки Кодай — его дочь, рождённая в союзе с Юки Мори. Девушка выросла в тени великого наследия и теперь пытается доказать, что способна идти по стопам родителей. Их отношения полны невысказанных слов и взаимного уважения, которое крепнет перед лицом смертельной опасности.

Спасательная операция превращается в гонку со временем, ведь чёрная дыра продолжает пожирать пространство. Экипажу «Ямато» предстоит сразиться с превосходящими силами противника, раскрыть тайну его происхождения и найти способ отвести катастрофу, пока не стало слишком поздно. В центре этой битвы — старые идеалы чести, долга и жертвенности, которые передаются из поколения в поколение вместе с названием легендарного корабля.

Фильм разворачивает масштабную историю о том, как герои прошлого уступают место новым защитникам, а память о великих подвигах становится фундаментом для будущих свершений. Судьба миллионов зависит от слаженности действий команды, личной храбрости и готовности каждого принять на себя удар ради спасения других.