Доктор Юнг, блестящий исследователь покемонов, посвятил себя дерзкому эксперименту — воскрешению видов, давно стёртых с лица земли, посредством своей революционной технологии «Мираж». Эта система, питающаяся цифровыми данными, способна воссоздавать древних существ вроде Кабутопса или Армальдо с пугающей точностью. Именно ради демонстрации этого прорыва учёный приглашает профессора Оука вместе с Эшем и его верными спутниками в свой уединённый особняк, скрывающий лабораторию будущего.

Однако задуманное представление оборачивается кошмаром, когда рукотворная реальность выходит из-под контроля. В самый разгар учебного боя между покемоном Эша и созданием Юнга система даёт сбой, и Мираж-Аэродактиль, словно вышедший из-под невидимой узды, стремительно набрасывается на собственного создателя, похищая его на глазах у ошеломлённых гостей. В лаборатории появляется таинственный незнакомец, именующий себя Повелителем Миражей, и с холодной уверенностью заявляет, что его творения непобедимы — у них нет ни единого уязвимого места.

Теперь перед Эшем, Мисти и профессором Оуком встаёт отчаянная задача: не только спастись из смертельной западни, но и остановить безумца, играющего с силами, которые не должен контролировать ни один человек. Им предстоит бросить вызов цифровым монстрам, лишённым слабостей, и выяснить, что скрывается за маской Повелителя, прежде чем миражное безумие поглотит их всех.