После того как последние угрозы человечеству были стерты с лица галактики, легендарный капитан Харлок распустил свой экипаж и исчез в бескрайнем мраке космоса, оставив позади и славу, и товарищей. Тишина, однако, оказалась обманчивой — в глубинах неизведанных секторов пробудилось нечто, что древнее самой людской истории. Во время рутинной археологической экспедиции профессор Дайба неосторожно потревожил многовековой сон расы, именуемой «ну» — существ, что когда-то правили вселенной через страх, задолго до появления первых звездолетов.

Пять лет спустя зловещая сила, окрепшая в тени забвения, вновь заявляет о себе, намереваясь погрузить мироздание в изначальный хаос. Земля, привыкшая к покою, оказывается на грани катастрофы, и только один человек способен бросить вызов древнему злу. Харлоку приходится нарушить собственное уединение и вновь собрать под знамена «Аркадии» старых боевых соратников: бесстрашную Кэй Юки, гениального доктора Зеро и верного первого помощника Яттарана. К ним присоединяется и юный Тадаси Дайба — сын ученого, чья ошибка разбудила кошмар, и теперь он ищет свой путь среди звезд.

Вместе они отправляются в одиссею, полную опасностей и отчаянных сражений, где ставки выше, чем когда-либо прежде. Финальная битва за судьбу человечества разворачивается не только в открытом космосе, но и в сердцах тех, кто готов пожертвовать всем ради спасения родного мира. Старые легенды встречаются с новой надеждой, а призрак вечного скитальца вновь встает на защиту тех, кто в него верит.