Галактический экспресс 999 снова отправляется в путь, и на этот раз его маршрут лежит через самые мрачные уголки Вселенной. С тех пор как человечество вздохнуло свободно, прошло несколько лет, но радость оказалась недолгой. Восстание против Механизированной империи захлебнулось в крови, и теперь Земля — это поле боя, где каждая улица пропитана гарью и отчаянием.

Тэцуро Хосино, когда-то мальчишка с билетом в руке, теперь взрослый боец, который видел слишком много смертей. Он сражается бок о бок с повстанцами, но их силы тают с каждым днём, а надежда ускользает, как песок сквозь пальцы. В самый мрачный час, когда кажется, что всё потеряно, на горизонте появляется знакомый серебристый силуэт. Старый друг возвращается, чтобы напомнить, что борьба ещё не окончена.

Мэйтел, чей голос он не слышал целую вечность, передаёт ему таинственное послание, которое заставляет сердце Тэцуро биться быстрее. Ему предстоит прорваться сквозь вражеские порядки, чтобы успеть на станцию до отправления. Экспресс 999 ждёт, и за его окнами скрываются новые загадки, опасности и встречи, которые изменят всё, что он знал о галактике и о самом себе.