Давно минули те дни, когда колоссальные кайдзю внушали ужас и сеяли разрушения на Земле. Ныне их души обрели новую форму, воплотившись в облике юных девушек, известных как кайдзю-герлз. Агира, Миклас и Уиндом, уже зарекомендовавшие себя как надёжные члены организации GIRLS, стараются изо всех сил: их жизнь наполнена тренировками, дежурствами и мелкими радостями повседневности, что делает их команду сплочённой и полезной для общего дела.

Однако привычный уклад рушится, когда в штаб поступает тревожное донесение о появлении новой, невиданной ранее разновидности Теней. Эти создания, прежде бывшие лишь смутной угрозой, теперь начинают сеять настоящий хаос, и отряду приходится готовиться к серьёзным испытаниям. В это же время другая участница GIRLS, девушка по имени Alien Guts, ощущает в себе тревожные изменения, которые она не может объяснить. Что-то внутри неё пробуждается, и это странное чувство грозит перевернуть её представление о себе и о том, кем она является на самом деле.