Прошло всего два года с момента восстановления мира, а спокойствие снова под угрозой. Сосай Икс возвращается на Землю эффектно и жестоко: он топит круизный лайнер, а среди выживших похищает малышку по имени Сэмми. Из этой девочки он без жалости делает нового генерала Галлактора — Джельсадору, и это только начало его планов. Организация снова набирает силу, нацеливаясь на учёных и военных, вынуждая ИСО напрячься и вспомнить о своём главном козыре — команде Гатчамен.

Однако всё теперь иначе: лидер отряда Кондор Дзё пропал без вести, и его считают погибшим, поэтому команда в растерянности, даже получив новые боевые машины и снаряжение. Доктор Кодзабуро Намбу понимает, что откладывать нельзя, и берёт в строй новичка — Гетца из отряда Ястреб, который должен занять место второго номера. Старые бойцы вынуждены привыкать к напарнику, а значит, доверие и сплочённость теперь под вопросом. Смогут ли они забыть потери и встретить новую угрозу в полном составе?