В 2066 году Республика Хонтворл, стоявшая у истоков ООН, внезапно объявляет о выходе из состава организации, оставляя мировое сообщество без каких-либо объяснений. Этот демарш порождает политический кризис, эхом отдающийся в коридорах власти и подрывающий шаткое равновесие на планете. Вскоре после этого столица соседней Республики Триад, город Мьори, подвергается сокрушительному удару с воздуха: гигантская летающая крепость, чьи очертания напоминают хищную птицу, известная как Король-Черепаха, сеет хаос и разрушение. Мир оказывается на грани новой катастрофы, и завеса тайны лишь сгущается, когда одно за другим начинают исчезать видные учёные.

Международная научная организация, возглавляемая доктором Кодзабуро Намбу, получает срочное задание пролить свет на природу этого загадочного врага. Однако расследование заходит в тупик: каждый новый шаг приближает их к разгадке, но одновременно открывает всё более мрачные перспективы. Именно в этот момент на сцену выходят пятеро бойцов Научного отряда ниндзя — легендарных Гатчамен, чьи имена когда-то внушали страх силам зла. Кэн Васио, известный как Орёл, вновь берёт на себя командование, хотя годы, минувшие с последней битвы с Берг Катце и его организацией Галактор, оставили свой отпечаток на каждом из них.

Теперь команде предстоит не просто вспомнить былое мастерство, но и столкнуться с угрозой, которая, возможно, превосходит всё, с чем они сталкивались раньше. Смогут ли они разорвать цепь заговора, опутывающую мир, и противостоять тёмным силам, что вновь поднимают голову? Ответы кроются в небесах, где парят тени прошлого, и в сердцах самих героев, готовых на всё ради спасения человечества.