Прошло немало времени с тех пор, как завершились события, известные зрителю по первому фильму. Девятый отдел продолжает свою нелёгкую службу в мире, где грань между человеком и машиной становится всё призрачнее. Теперь в центре внимания — Бато, киборгизированный оперативник, и его напарник Тогуса. После того как Майор Мотоко Кусанаги таинственным образом исчезла, паре приходится работать без неё, и именно им поручают распутать клубок жестоких убийств.

Жертвами становятся люди, а орудиями преступления — прототипы гиноидов, которые после совершения злодеяния уничтожают сами себя, будто стирая следы. Однако в этом механическом хаосе есть одна деталь, которая выделяется на фоне ледяной логики: перед тем как самоуничтожиться, один из гиноидов обращается к Бато с просьбой о помощи. Этот момент становится отправной точкой, заставляющей оперативника усомниться в том, что за серией происшествий стоит лишь бездушный сбой системы.

Расследование выводит героев на тропу, где человеческая душа и машинный интеллект переплетаются в опасном танце. Бато и Тогуса вынуждены копать глубже, сталкиваясь с корпоративными тайнами и философскими вопросами о природе существования. Каждая новая улика приближает их к разгадке, но одновременно ставит под сомнение их собственное понимание того, что значит быть живым. Напряжение нарастает, и в этом мире, где технологии давно опередили мораль, цена истины может оказаться слишком высокой.