Через год после триумфа на национальном первенстве команда «Трай Файтерс» получает заманчивое предложение от корпорации «Ядзима Трейдинг» — опробовать на отдалённом тропическом острове экспериментальную боевую платформу. Сэкай и Фумина с радостью соглашаются, но, прибыв на место, обнаруживают, что компания пригласила и их давних соперников: дерзкую Гянко, загадочную Шиа и хладнокровного Минато. В то время как Юма отклоняет приглашение, чтобы помочь Мирай с фотосессией, судьба готовит ему неожиданный поворот — вскоре он оказывается на том же самом острове, воссоединяясь с друзьями.

Тем временем в лаборатории Нильса Нильсена происходит сбой: экспериментальные частицы Плавски спонтанно формируют гигантский кристалл, излучающий аномальную энергию. Этот выброс мгновенно нарушает контроль над всеми Ганпла на острове, превращая безобидные модели в неуправляемые машины разрушения. Хаос нарастает с каждой секундой, и теперь бывшим соперникам приходится забыть о разногласиях и объединиться в отчаянной попытке остановить кристалл. Если они не успеют, волна нестабильности захлестнёт все системы Ганпла Баттл по всему миру, поставив под угрозу само существование этого вида спорта. Ставки высоки, а времени почти не осталось.