После событий первого сезона герои, некогда сражавшиеся в Цифровом мире, возвращаются к привычным будням. Учёба, встречи со старыми и новыми знакомыми, поездки и мелкие радости повседневности заполняют их дни. Кажется, что всё тревожное осталось позади, но именно в этот момент в сеть проникает странное яйцо, целиком сотканное из цифровых сбоев.

Косиро, первым заметивший аномалию, немедленно связывается с Таити, чтобы поделиться тревожными новостями. Пока друзья обсуждают случившееся, из яйца вылупляется дигимон, который начинает жадно поглощать данные в глобальной сети. Ошибки множатся, системы одна за другой выходят из строя, и мир оказывается на грани колоссального цифрового коллапса.

Избранным вновь приходится действовать сообща, ведь под угрозой не только Всемирная паутина, но и реальность, привычная для всех людей. Смогут ли дети остановить неведомое существо, прежде чем хаос окончательно поглотит мир? Ответ скрывается в битве, где на кону стоит будущее всего человечества.