В 2009 году студия Bones представила продолжение истории, разворачивающейся после того, как Хэй предал Синдикат и оказался в бегах. Его путь приводит во Владивосток, где переплетаются тайные операции сразу трёх разведок — ФСБ, ЦРУ и MI6. В центре их внимания оказывается профессор Павличенко, чьи исследования природы контракторов привлекают слишком много опасного интереса. Учёный растит сына Сиона, который сам является контрактором, и его сестру-близнеца Суо, не подозревающую о тёмной стороне семьи.

Ситуация накаляется до предела, когда несколько спецслужб одновременно решают захватить профессора и его сына. Контракторы разных сторон сталкиваются в жестокой схватке, и операция идёт прахом: Павличенко погибает, а Сион бесследно исчезает. В этом хаосе Суо попадает в руки Хэя, который ошибочно принимает её за брата, на которого охотится по заказу ЦРУ. Осознав свою ошибку, он не оставляет девочку, а напротив, вытаскивает её из-под носа ФСБ, становясь свидетелем невероятного — её превращения в контрактора.

Но Суо — не обычный контрактор: в отличие от своих сородичей, она сохраняет эмоции и человеческую привязанность, что делает её уникальной и опасной аномалией. Хэй берётся обучать её суровой жизни, полной риска и расчёта, зная, что за ними обоими охотятся могущественные силы. Вместе им предстоит выяснить, что связывает исчезновение Сиона с секретами, которые так отчаянно пытались скрыть, и куда на самом деле ведут следы профессора.