Человечество и механические существа, которых называют механоидами, воевали так долго, что, казалось, конца этому не будет. Но когда машины уже фактически прибрали к рукам всю галактику, а Земля оказалась на грани полного подчинения, обе стороны, скрепя сердце, согласились на перемирие. Зеро, когда-то адмирал флота в той самой Великой Галактической войне, теперь командует обычным буксиром. Война забрала у него семью, но он всё равно верой и правдой продолжает служить планете, стараясь не думать о прошлом.

Как-то раз, выполняя рутинное задание, Зеро сталкивается с кораблём неизвестного пирата, которого во всей Вселенной прозвали Тенью Смерти. Наш капитан, не будь дураком, принимает бой, но оказывается разбит наголову. И тут приходит приказ сверху: поймать этого самого легендарного разбойника, что держит в страхе всю галактику. Каково же было удивление Зеро, когда выясняется, что загадочный пират — не кто иной, как сам капитан Харлок, тот самый, что недавно разнёс его буксир в щепки.

Теперь Зеро предстоит охота на Харлока по всей Вселенной. Ему дают под командование его старый военный линкор «Кария», а экипаж собирают из людей и тех самых механоидов, с которыми он ещё недавно воевал. Смешная выходит ситуация: чтобы поймать легенду, ему придётся самому стать чем-то большим, чем просто бывший адмирал на буксире. И всё это под флагом Независимого Флота, где союзники вчерашние враги, а враги — возможно, единственные, кому можно верить.