Два мирных года прошли с тех пор, как Дэн и его товарищи запечатали былые угрозы. Размеренное существование прерывается самым неожиданным образом: перед юношей вспыхивает портал, из которого появляется его старый друг Драго. Драконий партнёр приносит тревожную весть — его родной мир, Новая Вестроя, оказался под гнётом воинственной расы вестов, и лишь совместными усилиями можно вернуть свободу этим землям.

Дэн и присоединившийся к нему Маручо отправляются в опасный путь сквозь измерение. На месте они сталкиваются с Фронтом Освобождения Бакуган — сплочённой группой повстанцев, которой руководят трое ярких бойцов: Мира из Сабтерры, Эйс из Даркуса и Бэйрон из Хаоса. Вместе эта разношёрстная команда решает бросить вызов шести могущественным генералам вестов, известным как вексы.

Каждый из противников владеет уникальной тактикой и безжалостной силой, так что союзникам приходится не только совершенствовать собственные навыки, но и учиться доверять друг другу в самых отчаянных ситуациях. Новые альянсы, старые узы и скрытые секреты Новой Вестрои переплетаются в борьбе, ставки в которой гораздо выше, чем просто победа в сражении. Судьба двух миров теперь висит на волоске.